As inundações no Rio Grande do Sul afetam também a agricultura e a pecuária no estado, que está sob decreto de calamidade. De todos os 497 municípios, mais de 400 já contabilizam como severamente afetados pelos temporais. 
Segundo Claudinei Baldissera, diretor técnico da Emater gaúcha, ainda não é possível precisar o tamanho do impacto sobre os sistemas de produção agrícola vegetal e animal, nem mensurar os efeitos desse desastre na comercialização dos produtos. Ele afirma que as colheitas de verão estavam adiantadas: 76% da lavoura da soja foram colhidos.
A avaliação para a colheita do milho é similar, de acordo com Baldissera.
No entanto, ainda não se pode afirmar se haverá retardo no cultivo da safra de inverno, como trigo, aveia e cevada. Sobre a pecuária, o diretor técnico da Emater no Rio Grande do Sul confirma as mortes e arrastos de animais de corte e de leite, mas ainda não há dados quantitativos.
Para o presidente da Federação da Agricultura, Gedeão Pereira, não há risco de desabastecimento de arroz no Brasil, sendo o principal problema a logística, com a infraestrutura do estado afetada.
A Emater está realizando o levantamento de perdas no meio rural, para auxiliar o governo gaúcho e dos municípios nas ações imediatas e no planejamento das intervenções estruturais que serão necessárias em todas as regiões.
